通关一周目后，咱们会从自家门口重新开始冒险。这时候大木博士会主动找上门，如果图鉴已经收集了60种以上的宝可梦，他会帮忙升级成全国图鉴模式。接着需要去精灵联盟挑战四天王，但会发现冰系天王科拿外出旅游了，暂时无法挑战。这时候剧情会引导咱们前往一岛，在精灵中心遇到一位研究员，得知修复机器需要红宝石和蓝宝石，这就是二周目的核心任务线。
从枯叶市乘船到达一岛后，先到网络中心和研究员对话，他会提到需要红宝石。咱们可以向右冲浪前往灯火山，山顶洞穴里能遇到火焰鸟，记得带上高级球尝试收服。下山后往右走会碰到两个火箭队残党，击败他们后进入洞穴深处拿到红宝石。把红宝石交给研究员，他会让咱们继续寻找蓝宝石，并给一张彩虹通行证，这样就能自由往返七岛了。
接下来乘船前往四岛，在冰洞深处用攀瀑术找到科拿，帮她击败火箭队后得知五岛有他们的基地。到了五岛会发现仓库需要密码才能进入，这时候需要去六岛的记号森林，穿过森林后进入一个洞穴，按顺序探索就能找到蓝宝石，但会被NPC抢走并留下火箭队仓库密码。回到五岛仓库输入密码，击败里面的火箭队干部就能拿回蓝宝石。
最后带着蓝宝石回到一岛交给研究员，设备修复完成后就能解锁全图通信功能。这时候别忘了探索七岛的训练师塔和遗迹山谷，还能收服闪电鸟、急冻鸟和超梦这些神兽。整个二周目流程虽然长，但跟着剧情一步步走就能体验到完整的冒险，宝可梦的收集和培养也会更有成就感。
